员工自然离职的工资应按照劳动合同来发放员工工资，自然离职在法律规定中是不允许扣员工工资的。
自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，是强行解除与企业的劳动关系的一种行为。有的职工因辞职未准或要求解除合同未被同意，便擅自离职或违约出走，有的职工未说明原因不辞而别，也有的受优厚待遇诱惑而擅自跳槽等均属自动离职范围。
自动离职、擅自离职的含义是相同的，都是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。这种不辞而别的行为是不符合法律规定的，常常会给用人单位造成经济损失，用人单位也往往要追究该劳动者的责任。用人单位对擅自离职的职工可按旷工处理，给予除名。按照国家规定，自动离职的劳动者不享受任何待遇。
解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职，自动离职的运用主体只是劳动者。
解除劳动合同适用的原因是双重性质的，既有惩罚性的，又有非惩罚性的。而辞职不具有惩罚性，自动离职往往是一种违法行为。
《中华人民共和国劳动法》
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。