差异基因KEGG注释图的绘制是了解基因功能和代谢途径的重要手段。本文将指导如何在Windows系统中为这些基因进行KEGG注释。
**步骤一：数据准备**
首先，差异基因列表是必需的，它通常包含基因ID和基因表达的变化方向（上调或下调）。这些数据通常位于“DEG_Analysis”文件夹中，格式如下：
```
基因ID regulated
G1 up
G2 down
...
```
为了在生成的图中区分上调和下调的基因，我们需要为每一行添加一个颜色代码。可以通过在Excel中使用IF函数来实现，设置如下：
- 当"regulated"列为"up"时，颜色代码为"red"。
- 当"regulated"列为"down"时，颜色代码为"green"。
**步骤二：使用在线工具进行注释**
接下来，我们需要使用KEGG提供的在线注释工具：
https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html。设置好参数后，将准备好的Excel数据粘贴到相应的位置，并点击“exec”按钮开始分析。
根据您提供的基因数量，分析可能需要一些时间。完成后，您将得到一个按基因数量排序的代谢通路列表。点击各个通路的链接，您可以查看哪些基因在各个样品中上调或下调。
通过以上步骤，您可以在短时间内独立完成差异基因的KEGG注释，无需依赖外部服务。
**附加资源**
- 基因家族分析实操课程与文献解读
- 转录组（有参/无参）结果解读
- WGCNA（加权基因共表达网络分析）
- 转录组数据挖掘与文献解读
- 微生物16S/ITS/18S分析原理、结果解读及网络图绘制
- 生物信息学基础课程（Linux、Perl、R语言）
- 医学数据挖掘课程（TCGA、GEO、GSEA等）
- 其他课程（如二代测序转录组数据分析、NCBI数据上传等）
请注意，以上步骤和资源可以帮助您更好地理解和应用差异基因KEGG注释图的绘制。