（一）技术人才缺乏
技术力量缺乏成为制约中小企业实施信息化建设的瓶颈。IT技术人员的数量从某种程度上可以反映出企业实施信息化的水平，企业信息化程度越高则需要更多的能熟练应用计算机的员工，而商务部分调查结果显示，80.9%的中小企业只配有5名以下IT技术人员，技术力量较为薄弱，可以熟练使用计算机的员工只占总数的38.1%，一半员工停留在一般应用计算机的水平。而我国目前中小企业由于薪资水平普遍缺少竞争力，加上从而对吸引和稳定技术人才队伍带来了很大的挑战。
在中小企业信息化建设实施过程中的问题主要出在实施人员身上。实施人员的管理基础知识和理论知识的不足，特别是缺乏企业背景，了解和解决企业管理中的实际问题的能力不足，而实施人员本身的素质同实际所要求的能力之间的差异是导致中小企业信息化建设产生问题的主要原因。
（二）信息化建设资金匮乏
企业的信息化建设，无论是服务器、台式电脑、笔记本电脑等硬件设备的购买，还是网络的构建以及大型管理软件的上马，都离不开资金的投入，尤其是信息系统的管理和维护更需要持续稳定的资金投入，否则企业的信息化建设水平就只能原地踏步，甚至后退。商务部调查资料显示，被调查企业中35.9%企业的信息化建设没有稳定、持续的信息化投入。
（三）信息化建设缺少规划
就我国目前多数中小企业信息化建设情况看，普遍存在缺少整体规划的现象，主要表现在以下几个方面：软件使用杂乱，偏重于个人喜好，导致系统兼容性差；各部门独自建设各自的管理系统，信息孤岛比较多；网络和信息安全考虑较少，存在很大的安全隐患。
（四）企业管理不规范
企业信息化建设促使企业营销、采购等管理环节更加透明，这必然会触及到一些既得利益者的经济利益，降低他们用信息化手段梳理业务流程的积极性，这种企业管理中人为因素的较多干预，在一定程度上限制了信息系统的深入应用。
中小企业在信息化建设的实施过程中，认为内部的各部门处于从属的地位，只要做好配合工作就可以了，这样的想法和做法都是错误的。中小企业的内部各部门必须在信息化建设项目的实施过程中处于主动和主导的地位，并发挥决定性推动作用。相当一部分企业把信息化建设任务主要交给本企业的计算机技术人员去实施，这种做法实质上是把一个管理项目转变成为一个计算机项目，是一种不正确的做法。因此本项目还要对信息化的建设在实施的过程中所牵扯到的企业管理方面的问题进行研究。例如：业务流程是否需要重组，企业人员是否合作等方面。
（五）风险抵御能力不高
由于缺乏客观的需求分析，缺乏全局性、前瞻性的战略规划，资源相对匮乏、整合效应相对较差等客观因素的影响，中小企业信息化建设方案在实施过程中往往会在一定程度上偏离期初的规划，最终不能符合中小企业管理的需要，或者暂时满足后又不能持续适应中小企业管理变化的需要，不能给中小企业带来真正的效益，从而为企业造成了不同程度的风险。
（六）软件语言问题
对于外资企业来讲，汉语与外语的转换过程中是否会出现乱码。因为很多外资企业要求信息系统版本是英语、日语或繁体，但是由于这些企业的操作系统语言又是汉语或简体，那么国产信息化软件外语版本与汉语简体Windows环境有时发生不兼容的问题，信息系统软件经常出现乱码的现象。
