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16s测序结果不好
16S
DNA
测序
问题
答:
造成原因:一是:PCR扩增中出现错误,克隆到载体中发生突变
。二是:测序准确性.测序准确性您的片段1500BP双向测序可以排除测序准确性问题.且可以找到您的引物序列, 至于片段大小相同在PCR条带检测时碱基相差10个左右肉眼是无法分辨的.因此克隆后的片段一致也就正常了.您可以使用PCR测序.如若测序有片段结果...
...总说通不过质检,P不出东西,到底什么原因?(
16s测序
)
答:
还有PCR无法获得
结果
还可以通过稀释DNA的一定程度上提高成功率,原因还是通过稀释减少腐殖酸等抑制剂。我们现在对于
16s
rDNA菌群
测序
的DNA的最低要求是总DNA量超过100ng,浓度不低于10ng/ul。最好有比较好的OD值。
粘细菌
16S
rDNA
测序
出现无信号,信号低的原因是什么?16SrDNA的序列通常...
答:
可能是浓度低
样品经过
16s
的pcr后电泳条带很亮,送去
测序
没
结果
是为什么
答:
我也遇到过类似的问题,PCR结果显示条带明亮,但
测序结果
却是混合物。估计还是引物特异性的的问题,测序PCR条件不一定
各位大虾好!这是细菌
16S
PCR产物电泳图像,大小为1.5kb,但条带上下出现...
答:
所以,
16S
rDNA的扩增面临的主要问题是污染,只要有其他细菌DNA的污染,就可能出现假阳性或
测序
重叠峰,也就是说一条1500bp的带可能是多个细菌的
16s
rDNA的扩增产物的混合物。解决这一问题需要注意的事项很多:1.所有的物品和试剂都要严格防污染,包括taq酶,有很多公司产的聚合酶是用细菌生产的,如果...
全长
16S测序
的优势和劣势是什么?
答:
全长
16S测序
的优势是:可以得到更长的读长和更全的扩增区域,基于此,与传统基于二代平台上的16S测序相比,可以得到更细致的物种分类和更多物种注释信息。全长16S的缺点也很明显,就是成本比较高,所以该如何选择,需要具体看研究目的了。
微生物
16S测序
数据分析思路解读
答:
7个问题串起
16S测序
的核心
结果
怎么办?用你的研究逻辑来梳理16S测序数据(图1)。简单地说,做16S测序是为了鉴定样本中的微生物(细菌)群组成,找微生物群与疾病或表型的相关性。详细地说,1)首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度(对应于菌群鉴定和α多样性分析);2)接着想看...
16s
rRNA的
测序结果
怎么分析啊?谢谢!!!
答:
2、SrRNA基因包括保守区和可变区,保守区反映了物种间的亲缘关系,而可变区则反映了物种间的差异。
16S
rRNA基因
测序
一般是利用MiSeq对16SrRNA基因的V3-V4可变区进行测序,以此来研究微生物多样性。3、SrRNA测序是测其上若干个可变区。这些可变区是species-specific的,可以根据这些可变区的序列特征识别出其...
细菌
16s
rDNA 单向测和测通对
结果
有影响吗,为什么?
答:
取决于你要测的片段的大小,一般
测序
的话,大于800bp的单向测定的话
结果不
够精准,所以建议如果片段小于800bp单向测就可以,大于800bp的测通~
微生物
测序
该怎么选,
16S
or 宏基因组?
答:
4千,如果经费不够那就选择16S啦。其次和我们的研究目标是密切相关的,假设我们研究的是疾病与对照组间菌群直接的差异,那么
16S测序
完全够用,而且目前来说除了种水平外,其它的多个水平同样的样本16s注释的物种会更加丰富。当然如果需要研究关键的功能和基因,那么直接选择宏基因组测序即可。
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