法律分析：公司申请破产的，在进行清偿时，应当支付的职工补偿除了拖欠的职工工资，还有职工的工资和医疗、伤残补助、抚费用，应当划入职工个人帐户的基本养老保险，医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
法律依据：《中华人民共和国企业破产法》
第四十一条 人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：
(一)破产案件的诉讼费用。
(二)管理、变价和分配债务人财产的费用。
(三)管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。
第四十二条 人民法院受理破产申请后发生的下列债务，为共益债务。
(一)因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务。
(二)债务人财产受无因管理所产生的债务。
(三)因债务人不当得利所产生的债务。
(四)为债务人继续营业而应支付的劳动报酬和社会保险费用以及由此产生的其他债务。
(五)管理人或者相关人员执行职务致人损害所产生的债务。
(六)债务人财产致人损害所产生的债务。
第一百一十三条 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款。
(三)普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。