在处理这种情况时，建议人事部门采取以下步骤，以避免引起劳动仲裁：
确保有明确的政策和规定：首先，公司需要确保有明确的政策和规定，说明员工必须遵守工作安排，以及违反规定所面临的后果。如果公司没有相关规定，人事部门应该考虑制定并告知员工。
与员工进行私人沟通：在通知员工休假的决定之前，建议人事部门与员工进行私人沟通，了解其为什么不听从工作安排。这样可以显示公司对员工的关注，并尝试解决问题。如果员工有合理的解释或承诺改进，公司可以考虑给予机会。
解释公司的立场：如果员工的行为违反了公司的规定，人事部门应该明确告知员工，解释公司的立场，并给予员工合理的解释。建议避免使用过于严厉或责备性的语言，而是以理性和专业的态度进行沟通。
给予员工适当的休假：在通知员工休假的决定时，建议明确告知员工休假的原因、休假的时间和方式，以及如何补偿休假时间。此外，建议给予员工适当的休假时间，以避免引起员工的不满或抵触情绪。
记录沟通的内容：在沟通过程中，建议人事部门记录沟通的内容，包括员工的解释、公司的立场和达成的协议。如果有必要，可以请员工签署书面文件以确认沟通内容。这样做可以避免未来出现误解或争议。
保持沟通和透明度：在处理这种情况时，保持沟通和透明度非常重要。如果员工对公司的决定有疑问或不满，人事部门应该尽可能解释并解决问题。同时，公司应该保持公正和透明，对所有员工都一视同仁。
通过以上步骤，人事部门可以委婉地通知员工休假，同时避免引起劳动仲裁。