员工未经批准擅自离职的处理有：
1、遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。
2、对擅自离职的，以旷工论处。因为未经批准，擅自离职的，或停薪留职期满后1个月以内，本人既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，均属无故旷工行为，况且旷工时间已够除名规定的期限，所以可按除名处理。
3、如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。
4、如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。
5、如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的(有实际数字证据)，公司可以要求员工赔偿损失。
解除劳动关系的程序
1、由解除决定人递交解除申请书；
2、人事部门填写解除劳动合同审批表并报主管审批；
3、通知所在部门及职工办理工作交接并交回工具设备等；
4、有关部门与职工办理结算工资福利和其他未了事宜等；
5、职工在结算工资和发放经济补偿的财务手续签字领取；
6、给职工办理团、工会组织关系和档案等转移手续；
7、给职工办理社会保险转移单和公积金转移手续等事项；
8、给职工开具解除劳动合同证明。
综上所述，用人单位对擅自离职的职工可按旷工处理，给予除名。按照国家规定，自动离职的劳动者不享受任何待遇。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》
第四条
用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
第三十六条
用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十九条
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
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