法律分析：因为员工旷工而扣其工资，若是不支付其当天的工资，此时不属于扣工资，因为本身员工当天就没有上班，单位自然是可以不予支付当天的工资。但要是在此之外还要扣工资的话，自然就是不合法的。不过如果旷工行为给单位造成了经济损失，此时单位可以要求员工赔偿，那么实际操作的时候就可以在其工资中扣除应当赔偿的部分。
法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。